Ab 1. August 2009 kooperieren die beiden Hafengesellschaften Schwedt/Oder und Berlin. Am 29. Juli 2009 wurde eine Kooperationsvereinbarung zwischen der Schwedter Hafengesellschaft mbH und der BEHALA-Berliner Hafen- und Lagerhausgesellschaft mbH, einem der größten Binnenhäfen Deutschlands unterzeichnet. Ziel ist es, den Hafenstandort in der Schwedter Wachstumsregion zu stärken, aber auch Marktpotentiale zu erschließen und marktspezifischen Know hows zu erweitern. Die Schwedter Hafengesellschaft mbH betreibt als Gesellschaft der Technischen Werke und der Stadt Schwedt/O. seit 1. November 2004 den Hafen. Neben der Umschlagstätigkeit zählen die Erschließung von Gewerbegebieten, die Verbesserung der Infrastruktur und die Vermarktung von Grundstücken zur Ansiedlung zu den Aufgaben. Die BEHALA-Berliner Hafen- und Lagerhausgesellschaft mbH betreibt in Berlin die Hafenstandorte Westhafen im Bezirk Mitte, Neukölln im Bezirk Neukölln und Südhafen im Bezirk Spandau. Zu den Hauptgeschäftsfeldern gehören Umschlag und Lagerei von Massen-, Stück- und Schwergut, Containerlogistik, Abfallentsorgung und Recycling, Hafenbahndienstleistung, Transporte mit eigenen Lokomotiven, Archivlogistik und Vermietung von Hafenimmobilien. Alleiniger Gesellschafter der BEHALA ist das Land Berlin.
Durch seine technischen Voraussetzungen bewies der Hafen Schwedt seine Flexibilität beim Umschlag von Reaktoren, Kolonnen und Windkraftanlagen.